Comentario
La variedad de asuntos tratados en los consejos y el volumen de información que pasaba por sus manos hacía prácticamente imposible que los negocios se despacharan con la prontitud deseada. Esto propició la creación de pequeños comités o Juntas, siempre temporales, cuya finalidad consistía en resolver las cuestiones más urgentes que se planteaban en los consejos sin necesidad de convocar o reunir a todos sus miembros, o que afectaban al conjunto de la Monarquía, facilitando así la tarea de gobierno. A menudo, sin embargo, la proliferación de las juntas se debió al deseo de los validos de no someter a los consejos determinados asuntos sobre los que mostraban especial interés. En esta línea de actuación hay que inscribir la creación de varias juntas por Felipe IV a instancias del conde-duque de Olivares. Los individuos que formaban parte de estos comités, a cuya cabeza estaba un presidente, podían ser todos de un mismo consejo, reforzados por especialistas, o pertenecer a distintos consejos, incluidos a veces personajes que desempeñaban algún cargo importante en la administración del Estado.
La tipología de las juntas era muy diversa, existiendo diferencias sustanciales entre ellas. Mientras que unas eran sólo consultivas, proponiendo al monarca lo que se debía ejecutar respecto a los asuntos consultados (a este grupo pertenecen la Junto de Competencias, la Junta de Alivios, la Junta de Medios o la Junta de Comercio), otras, en cambio, gozaban de amplias competencias -consultivas y ejecutivas- aunque dependientes de un consejo (la Junta de Contrabando, por ejemplo), y las había que estaban revestidas de las mismas atribuciones que los consejos, actuando con total independencia, a veces incluso como tribunal judicial por gozar de jurisdicción privativa en las materias que tenía asignadas, sin posibilidad de que en sus actuaciones pudieran inmiscuirse los restantes tribunales de la Monarquía: participan de estas prerrogativas, entre otras, la Junta de Represalias (1667), la Junta de Millones, la Junta de Encabezamientos (1683) y la Junta de Fraudes (1683).
A pesar de que cada consejo -y cada junta, en su caso- tenía bien delimitadas sus funciones y competencias, lo cierto es que a menudo surgían entre ellos enfrentamientos de jurisdicción, ocasionados por la defensa a ultranza de sus prerrogativas y por una libre interpretación de las leyes y de las ordenanzas promulgadas por la Corona. Estos conflictos se producían mayoritariamente entre los Consejos de Hacienda y de Castilla -incluidas las Audiencias y Chancillerías-, pero también entre ambos y el Consejo de Guerra, o entre el Consejo de Hacienda y el Consejo de Inquisición. Para resolver tales diferencias, que afectaban a la gobernabilidad de la Monarquía dilatando el cumplimiento de las órdenes reales, se creó la Junta de Competencias, un organismo integrado por un presidente y un ministro de cada consejo donde se establecía el tribunal al que le correspondía dirimir el asunto en litigio.
Desde la Baja Edad Media los monarcas tuvieron un íntimo colaborador personal, el secretario del rey, personaje encargado de redactar y refrendar los documentos reales. Con el sistema polisinodial, junto a estos secretarios personales, afectos al servicio directo del soberano, aparecen los secretarios de los consejos, encargados de redactar, signar y elevar al monarca las consultas, entre los que sobresale el secretario del Consejo de Estado, y una pléyade de secretarios reales de menor rango, adscritos a una Secretaría determinada, nombrados incluso con carácter honorífico o en recompensa de servicios prestados a la Corona. A partir de Carlos I los secretarios personales del rey, como Francisco de los Cobos, Alonso Idiáquez, Mateo Vázquez y Francisco de Eraso, alcanzan una gran influencia, lo mismo que los secretarios del Consejo de Estado, que desde 1567 son ya dos al establecerse una Secretaria de Estado para los negocios del Norte y otra para los de Italia, sistema que se mantendrá sin cambios hasta 1630 en que se crea una tercera secretaría encargada de los asuntos de España, Indias y norte de África, si bien en 1643 desaparece, siendo restablecida en 1648 para de nuevo ser suprimida de forma definitiva en 1661, volviéndose al sistema anterior.